Das Modul Reinraumabwicklung trifft die Sicherheitsvorkehrungen, die im Umgang mit Chemikalien, Lebensmitteln oder Medikamenten oft erforderlich werden.

Dabei dürfen bestimmte Räume dürfen nur von bestimmten Personen mit bestimmten Qualifikationen oder Ausrüstung betreten werden.

So werden für beispielsweise Verkochungsprozesse Gummianzüge oder Masken zum Schutz der arbeitenden Personen benötigt, im medizinischen Bereich Anzüge und Masken zum Schutz der Waren.

Das Modul Reinraumabwicklung automatisiert die Anforderung nach Sicherheitsvorkehrungen: In PROLAG®World kann eingestellt werden, dass nur bestimmte Personen mit einer Qualifikation einen Bereich betreten dürfen.

Dafür wird ein spezieller Bereich angelegt, der nur bestimmten Nutzern zugewiesen wird. Dabei berücksichtigt die Reinraumabwicklung, wann die letzte Schulung der Person stattgefunden hat. Mit der Identifikation am Scanner wird der Nutzer dann mit den entsprechenden Anweisungen in den Raum geführt, diese Anweisungen muss der Nutzer bestätigen.

Für die Übergabe der Waren kann als Abgabeort auch eine Schleuse zur Abholung angegeben werden. Dies betrifft auch die Auslieferung aus der Produktion.