Das Modul Einlagerung mit Bypass ermöglicht es, einen Wareneingang und -ausgang an ein Host-System zurückzumelden, ohne dass diese Ware in PROLAG®World physisch eingelagert wird. Die oft als "Durchläufer" bezeichnete Position umgeht dabei die normalerweise nacheinander folgenden Prozesse (Wareneingang, Kommissionierung, Kontrolle, etc.) und gelangt direkt in den Warenausgangsprozess ohne weitere Systembegleitung. Es wird ein Bypass-Beleg gedruckt und anschließend erfolgt eine Rückmeldung des Artikels an das Hostsystem. Zur Einlagerung mit Bypass gehören auch die Erweiterungsmodule Fehlteilverwaltung/Crossdocking und Einlagerung mit Transportwagen.